2009年1月1日起，《中華人民共和國增值稅暫行條例》（國務(wù)院令[2008]538號）和《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》（財政部令[2008]50號）正式實施。此前國家稅務(wù)總局發(fā)布的部分增值稅規(guī)范性文件所引用的條例及細(xì)則條款依據(jù)已發(fā)生變化，需要根據(jù)修訂后的條例及細(xì)則進(jìn)行修改?，F(xiàn)將有關(guān)修改內(nèi)容明確如下：
一、《國家稅務(wù)總局關(guān)于飲食業(yè)征收流轉(zhuǎn)稅問題的通知》（國稅發(fā)[1996]202號）第二條中“按《增值稅暫行條例實施細(xì)則》第六條和《營業(yè)稅暫行條例實施細(xì)則》第六條”修改為“按《增值稅暫行條例實施細(xì)則》第七條和《營業(yè)稅暫行條例實施細(xì)則》第八條”。
二、《國家稅務(wù)總局關(guān)于衛(wèi)生防疫站調(diào)撥生物制品及藥械征收增值稅的批復(fù)》（國稅函[1999]191號）中“根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第二十四條及有關(guān)規(guī)定，對衛(wèi)生防疫站調(diào)撥生物制品和藥械，可按照小規(guī)模商業(yè)企業(yè)4％的增值稅征收率征收增值稅。”修改為“根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第二十九條及有關(guān)規(guī)定，對衛(wèi)生防疫站調(diào)撥生物制品和藥械，可按照小規(guī)模納稅人3%的增值稅征收率征收增值稅。”
三、《國家稅務(wù)總局關(guān)于外國企業(yè)來華參展后銷售展品有關(guān)稅務(wù)處理問題的批復(fù)》（國稅函[1999]207號）第一條中“按小規(guī)模納稅人所適用的6%征收率”修改為“按小規(guī)模納稅人所適用的3%征收率”。
四、《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人恢復(fù)抵扣進(jìn)項稅額資格后有關(guān)問題的批復(fù)》（國稅函[2000]584號）中“《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第三十條規(guī)定：‘一般納稅人有下列情形之一者，應(yīng)按銷售額依照增值稅稅率計算應(yīng)納稅額，不得抵扣進(jìn)項稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票：（一）會計核算不健全，或者不能夠提供準(zhǔn)確稅務(wù)資料的；（二）符合一般納稅人條件，但不申請辦理一般納稅人認(rèn)定手續(xù)的。’”修改為 “《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第三十四條規(guī)定：有下列情形之一者，應(yīng)按銷售額依照增值稅稅率計算應(yīng)納稅額，不得抵扣進(jìn)項稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票:（一）一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準(zhǔn)確稅務(wù)資料的；（二）除本細(xì)則第二十九條規(guī)定外，納稅人銷售額超過小規(guī)模納稅人標(biāo)準(zhǔn)，未申請辦理一般納稅人認(rèn)定手續(xù)的。”
五、《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)改制中資產(chǎn)評估減值發(fā)生的流動資產(chǎn)損失進(jìn)項稅額抵扣問題的批復(fù)》（國稅函[2002]1103號）中“《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第二十一條規(guī)定：‘非正常損失是指生產(chǎn)、經(jīng)營過程中正常損耗外的損失’”修改為 “《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第二十四條規(guī)定，非正常損失是指因管理不善造成被盜、丟失、霉?fàn)€變質(zhì)的損失。”。
六、《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅起征點調(diào)整后有關(guān)問題的批復(fù)》（國稅函[2003]1396號）第二條“《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十八條規(guī)定”修改為“《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十七條規(guī)定”。
七、《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)新辦商貿(mào)企業(yè)增值稅征收管理有關(guān)問題的緊急通知》（國稅發(fā)明電[2004]37號）第三條第（三）款有關(guān)企業(yè)增購專用發(fā)票必須按專用發(fā)票銷售額的4%預(yù)繳增值稅的規(guī)定，修改為按3%預(yù)繳增值稅。
八、《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)新辦商貿(mào)企業(yè)增值稅征收管理有關(guān)問題的補(bǔ)充通知》（國稅發(fā)明電[2004]62號）第七條第一款有關(guān)輔導(dǎo)期一般納稅人增購增值稅專用發(fā)票按4%征收率計算預(yù)繳稅款的規(guī)定，修改為按3%征收率計算預(yù)繳稅款。
九、《國家稅務(wù)總局關(guān)于取消小規(guī)模企業(yè)銷售貨物或應(yīng)稅勞務(wù)由稅務(wù)所代開增值稅專用發(fā)票審批后有關(guān)問題的通知》（國稅函[2004]895號）第一條“增值稅征收率4%（商業(yè)）或6%（其他）”修改為“增值稅征收率3%”。
十、《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)煤炭行業(yè)稅收管理的通知》（國稅發(fā)[2005]153號）第一條“根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第三十條的規(guī)定”修改為“根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細(xì)則》第三十四條的規(guī)定”。
十一、《國家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人進(jìn)口貨物增值稅進(jìn)項稅額抵扣有關(guān)問題的通知》（國稅函[2007]350號）中“納稅人從海關(guān)取得的完稅憑證”修改為“納稅人從海關(guān)取得的海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書”，“進(jìn)口貨物取得的合法海關(guān)完稅憑證”修改為“進(jìn)口貨物取得的合法海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書”。
